Он использует форму туннеля, слегка изогнутого, так, что вид на другой его конец открывается лишь с середины, показывая зрителю издалека крыши входного павильона главного корпуса. При выходе из туннеля к основному корпусу музея ведет легкий подвесной мост длиною 120 м, присоединенный к выходу из туннеля при помощи стальных канатных конструкций. 80% самого здания музея скрыто под землей и ничем не нарушает горный пейзаж.
Взгляду зрителя предстает лишь небольшой входной павильон, сочетающий в себе традиции современной японской и китайской архитектур. При подготовке проекта музея Пэй тщательно изучил особенности традиционной японской архитектуры, главным принципом которой является соединение здания с ландшафтом, при котором граница между ними, то есть между зданием и садом, стирается, и одно плавно переходит в другое. Именно поэтому здание музея окружено сотнями гектаров и садов, спланированных Накамура Ёсиаки в сотрудничестве с Пэйем. Основным принципом архитектурной конструкции музея, как и других конструкций Пэя является использование естественного солнечного света, освещающего конструкцию через стеклянную крышу.
«Свет – ключ ко всему», – говорит Пэй. Третья составляющая данного музея, наряду с природным ландшафтом и архитектурной конструкцией, – это представленные в нем предметы искусства. О важности того, что показывается в музее, архитектор говорил: «Сама конструкция, безусловно, важна, но содержание должно быть международным, сама конструкция «как ракушка».
Музей состоит из Северного крыла, где экспонируются предметы японского искусства, и Южного, где представлены произведения искусства древних и средневековых цивилизаций. При выборе предметов искусства основательница музея Кояма Михоко руководствовалась не только и не столько их исторической ценностью, сколько эстетикой самих предметов, их красотой, и той духовностью, которая исходит от них. Именно в этом основная особенность коллекции Музея.
Подробнее ознакомиться с темой можно в книге-альбоме "Культурное наследие Центральной Азии в музеях Японии" серии "Культурное наследие Узбекистана в собраниях мира" (XХ том).
Основным спонсором проекта является нефтесервисная компания Eriell-Group.