В его состав вошел также Кокандский литературный музей и его филиал – бывший мемориальный музей Хамзы Хакимзаде Ниязи. По инициативе Президента Республики Узбекистан Ш.М.Мирзиёева в 2018 году в бывшем мемориальном музее Хамзы открылся Музей великих мыслителей.В структуру Музея-заповедника входят шесть музеев и четыре памятника культурного наследия. Это:
– Кокандский Государственный музей-заповедник, главное здание которого находится в урде (дворце) Худояр-хана;
– Музей прикладного искусства (мечеть-медресе Джами);
– Музей великих ученых (специальное здание, построенное для музея);
– Литературный музей (бывшее здание Государственного банка);
– Келья-музей Мукими (Сахибзода Хазрат, медресе Миён Хазрата);
– Дом-музей Хамзы Хакимзаде Ниязи (традиционный узбекский дом XIX века);
– Медресе Норбутабия;
– Мавзолей Дахмаи Модарихана;
– Медресе Дастурханчи;
– Археологический памятник Тепакурган.
Подробнее ознакомиться с темой можно в книге-альбоме "Собрание Государственного Музея-Заповедника "Коканд" серии "Культурное наследие Узбекистана в собраниях мира" (XLIII том).
Основным спонсором проекта является нефтесервисная компания Eriell-Group.